智能科学与工程系下设计算机科学与技术、网络工程、智能科学与技术、计算机科学与技术（中德合作2+3）、计算机科学与技术（专升本）、信息安全与管理专业(专科，中韩合作培养1.5+1.5)等6个专业。
本系现有教师39人，其中，教授6人，副教授10人，高级工程师1人，高级实验师1人，具有博士学位的教师15人，硕士学位以上的教师占92.3%，学生850余人。
本系立足学校“地方性、应用型、国际化”的办学定位，围绕安徽省信息技术产业，深化产教融合，探索新工科专业建设，积极开展教学改革，与德国、韩国、爱尔兰等国外高校合作办学，教改成果显著，例如：2009年计算机科学与技术专业获评国家级二类特色专业，2015年网络工程专业获安徽省 “专业综合改革试点”项目，2015年计算机科学与技术专业获批省卓越人才教育培养计划， 2009年获得国家级教学成果奖二等奖， 2012年获省级教学成果奖二等奖，2014年获国家级教学成果奖一等奖，2018年获国家级教学成果奖一等奖和省级教学成果特等奖，2019年计算机科学与技术专业获批为“国家级一流专业建设点”。
本系学生在专业竞赛表现突出，大学生创新创业项目丰富。近三年，在重要学科竞赛中共获奖项287项，其中国际级7项，国家级62项，省级218项，获批大学生创新创业项目190余项，其中国家级60余项，其余均为省级。
本系毕业生就业率和专业对口率高，如：2019年毕业生就业率达99.48%。专业对口率高，约有95%以上的学生在企业就业，并从事与专业相关的工作；省内就业占主导，67%以上的学生在合肥市就业，75%在省内就业；用人单位反映：毕业生基础扎实，工程能力强，业务水平高；具有良好的团队协作和敬业奉献精神，创新意识和社会责任感强、综合素质高，满意度为96.10%。
近三年境内、外升学人数分别为38人和5人。平均升学率12.2%。至2019年底，共有35名学生在德国完成硕士或博士阶段学习。部分毕业生考入北京大学、中国科学技术大学、北京邮电大学、南京邮电大学、合肥工业大学和安徽大学等研究生。
近三年，本系质量工程项目申报获批29项，发表教研论文18篇；获得纵向科研项目45项，总经费600余万元。横向项目24项，共计370余万元。公开发表科研论文高质量论文23篇，其中：11篇SCI，11篇EI,1篇CSCD，获得专利和软件著作权等共52项。
